儿科成立于20世纪70年代末，是扬州地区县级医院中较早独立出来的儿童专业科室。现为国家级住院医师规范化培训协同基地、扬州市临床重点专科，江都区危重新生儿抢救中心。

科室现有医护人员近40名，医师组有主任医师5名、副主任医师4名、主治医师13名、住院医师1名，大多数先后到上海国际儿童医学中心、上海新华医院、上海儿童医院、上海瑞金医院、南京儿童医院、苏州儿童医院等全国重点专科医院进修学习，并拥有各自专业特色。护理组有主任护师1名、副主任护师1名、主管护师10名及护师、护士3名。科室配有心脏除颤仪、心电呼吸血氧监护仪、氧浓度监测仪、高流量氧疗仪、输液泵、便携式吸痰器、雾化器、电动吸引器、循环紫外线空气消毒机、新生儿暖箱、超声药物透入治疗仪、拍背排痰仪、一氧化氮呼气试验检测仪等设备。

科室设有儿内科病房、新生儿病房、儿科门诊、急诊及专家门诊。常年收治儿内科疾病患者。年门急诊量约7万人次，住院病人达3000人次，抢救危重病人500余例，抢救成功率达95%以上。科室可常规开展感染性疾病的诊断，小儿重症肺炎、肺炎支原体肺炎的诊治，川崎病、传染性单核细胞增多症的诊疗，小儿腹泻规范的液体疗法，小儿出血性疾病的诊治，血尿的诊断和鉴别诊断，急慢性肾炎和原发性肾病综合征的诊治，急性呼吸衰竭的诊治、糖尿病酮症酸中毒等急救方面有较高的水平，开展各种先天性心脏病的诊断；心律失常的诊治；各类型休克；小儿癫痫、重症肌无力、肌营养不良等的诊断亦有很深的造诣。

目前，科室已开设儿童哮喘专病门诊，规范治疗儿童哮喘、慢性咳嗽等疾病；与上海瑞金医院儿童内分泌专科合作组建医联体，开设儿童生长发育专科门诊，常规开展矮小症、性早熟、小儿肥胖症、甲状腺功能亢进症的诊疗；还开设儿童消化专科、儿童呼吸专科、儿童心理专科、儿童内分泌专科门诊。

近年来，科室多次荣获“先进科室”“文明窗口”“青年文明号”等光荣称号，科室成员先后获得医院“先进个人”、卫健系统“先进工作者”、扬州市“医德之星”等荣誉称号。科主任为扬州学会儿科学组副主任委员，科内多名骨干在省、市级学会担任委员。科室学术氛围浓厚，近年来发表SCI、核心期刊等高质量论文数十篇。